A felsőoktatási intézmények viszonylag nagy autonómiát élveznek. A főiskolák, egyetemek alapvető működésének törvényi szabályozása azonban minden Magyarországon bejegyzett és működési engedéllyel rendelkező felsőoktatási intézményre vonatkozik, akár állami, egyházi, magán, vagy alapítványi fenntartású (2011. évi CCIV. törvény a nemzeti felsőoktatásról)

A felsőoktatási intézményeknek három típusa ismert hazánkban

A felsőoktatási törvény értelmében a felsőfokú intézmények akadémiai (oktatási és kutatási) profiljuk alapján főiskolák, alkalmazott tudományok egyetemei vagy egyetemek lehetnek.

A különbségtételt elsősorban az oktatási kapacitások határozzák meg.

Egyetem az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább nyolc alapképzési és hat mesterképzési szakon jogosult képzésre, valamint doktori képzésre és doktori fokozat odaítélésére; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább hatvan százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven folytatni. Az egyetem valamennyi képzési ciklusban folytathat képzést.

Alkalmazott tudományok egyeteme az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább négy alapképzési és két mesterképzési szakon jogosult képzésre, legalább két szakon duális képzést folytat – ha a működési engedélye kiterjed a műszaki, informatika, agrár, természettudomány vagy gazdaságtudományok képzési területre, szakra; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább negyvenöt százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven folytatni. Az alkalmazott tudományok egyetemeivé a közelmúltban alakultak át a korábbi nagyobb létszámú, tagoltabb szervezettel rendelkező főiskolák.

A főiskola az a felsőoktatási intézmény, amelyik munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább harmada tudományos fokozattal rendelkezik. A főiskola tudományos diákköröket működtethet. Nincs erre vonatkozó törvényi megkülönböztetés, de az alkalmazott tudományok egyetemeire és a  főiskolákra – történeti okokból kifolyólag – jellemzőbb a gyakorlat-orientált képzés, az első ciklusú és rövid idejű programok túlsúlya, és az alkalmazott kutatások dominanciája, míg az egyetemek inkább elmélet-orientált képzéseket folytatnak, jelentősebb számú programjuk van a mester ciklusban és alapkutatási tevékenységük is erőteljes. Az állami egyetemek inkább többkarú, nagyméretű intézmények, míg a főiskolák – egy-két kivételtől eltekintve – kisebb méretű intézmények.

Képzési szintek

• Alapképzés, amely általában 6-8 féléves és lehet BSc (az angol Bachelor of Sciences rövidítése), vagy Ba (az angol Bachelor of Arts rövidítése) típusú. A BSc típus a természettudományokat foglalja magába, pl. agrár, informatikai, műszaki, katonai, orvosi, sporttudományi, természettudományi képzés. A BA típus pedig a humán tudományokat jelenti, mint pl. bölcsészettudományi, gazdaságtudományi, jogi és igazgatási, művészeti, pedagógiai, társadalomtudományi képzés.
• Mesterképzés, amely az alapképzésre épülő 2-4 féléves képzés és a kimenete MSc (természettudományi), vagy MA (humán tudományokat jelentő) diploma. Mesterképzést csak az alapképzésben megszerzett BSc, vagy BA diploma megszerzése után lehet folytatni.
• Osztatlan mesterképzés, amely a Bologna-rendszerű felsőoktatási rendszerrel ellentétben nem tagolódik alap- és mesterszintre, hanem 10-12 félév alatt nyújt egyetemi diplomát. Ilyen típusú képzés pl. az orvosi, gyógyszerészi, művészeti és tanárképzés.
• Doktori képzés, amely szintén három éves és a PhD fokozat megszerzésével zárul. Értelemszerűen, doktori képzésre kizárólag mesterszakon szerzett diplomával lehet jelentkezni.

Az egyetem és a főiskola felsőfokú végzettségi szintet nem biztosító képzést – felsőoktatási szakképzést, szakirányú továbbképzést – is folytathat.

Fogyatékossággal élő hallgatók a hazai felsőoktatásban

A fogyatékossággal élő fiatalok számára a továbbtanulás nem pusztán az egyéni érdeklődés kielégítését szolgálja, hanem sok esetben a munkavállalási esélyeik növelését is, mivel a funkcióbeli korlátok miatt a fizikai munkavégzéshez vezető szakképzés sok esetben nem jelent reális pályaorientációt számukra. Fogyatékossággal élő hallgatók mindig is folytattak egyetemi tanulmányokat, bár az esélyegyenlőségüket szabályozó első rendelet csak 2002-ben született meg hazánkban. A 2002-es OM rendelet megjelenése óta a fogyatékossággal élő fiatalok felsőoktatási részvétele egyre nő, az elmúlt időszakban több mint tízszeres emelkedést mutatnak a statisztikák. Sajnos a jelenlegi kb. 3000 felsőoktatásban tanuló fogyatékossággal élő fiatal kb. 1%-os részvételi aránya még mindig messze elmarad a fejlettebb országok 10-12%-os arányától.